Del 10 al 21 de diciembre 2015; Buenos Aires, Argentina

El curso propone proveer los tópicos principales en el estudio de la regulación de la cromatina y la expresión génica. Se llevarán a cabo prácticas experimentales y abordajes computacionales que se utilizan para el análisis de los resultados experimentales, con el objetivo de identificar aspectos importantes de la biología de la cromatina a nivel génico y genómico en gran escala.

El curso está orientado a estudiantes de doctorado y postdoctorado e incluirá clases teóricas y prácticas. Las clases teóricas comprenderán principios básicos y resultados obtenidos por los investigadores convocados, con el fin de ilustrar los abordajes experimentales que se desarrollarán en el curso y sus implicancias sobre la regulación génica. Las clases prácticas permitirán que los estudiantes adquieran experiencia en la técnica de Inmunoprecipitación de la Cromatina (ChIP por su sigla en inglés), se familiaricen con el análisis in silico de datos provenientes de ChIP seguidos de secuenciación (ChIP-seq) y de secuenciación masiva de ARN (RNA-seq). Además, con el objetivo de conocer el estado del arte local en los temas desarrollados, se dictarán charlas sobre las tecnologías ofrecidas por las Unidades de la Plataforma Bioinformática Argentina dependiente del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva (BIA-MINCYT).

Oradores/formadores

Clases teóricas

Nicolás Bellora
Instituto de Investigaciones en Biodiversidad y Medioambiente – INBIOMA, Bariloche.

Elmer Fernández
Plataforma Bioinformática Argentina – BIA, Córdoba.

Alberto Kornblihtt
Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencias – IFIBYNE, Buenos Aires

Patricia Saragüeta
Instituto de Biología y Medicina Experimental- IBYME, Buenos Aires

Martín Vazquez
Consorcio Argentino de Tecnología Genómica – CATG, Rosario

Guillermo Vicent
Centro de Regulación Genómica – CRG, Barcelona

Instructores de las clases prácticas

Nicolás Bellora  (INBIOMA)

Cristóbal Fresno  (BIA)

Alejandro La Greca  (IBYME)

Griselda Vallejo  (IBYME)

Juan Cruz Rodríguez  (BIA)

Programa

                                                 Del 10 al 21 de diciembre de 2015

Día 1 (Jueves 10):

10:00-11:45        Presentación del curso.

12:00-13:00    Conferencia de Perspectivas Generales: Regulación Génica a cargo de Alberto Kornblitth.

13:00-14:00         Almuerzo

14:00-15:00         Invitado a confirmar

15:00-15:15        Intervalo

15:15-17:00        Conferencia de Servicios Científico-Técnicos: Servicio de Secuenciación a cargo de Martin Vázquez.

Día 2 (Viernes 11):

10:00-12:00    Conferencia de Perspectivas Generales: Análisis Bioinformático de la Expresión Génica a cargo de Elmer Fernández.

Conferencia de Servicios Científico-Técnicos: Análisis Funcionales de datos masivos de Expresión Génica a cargo de Cristóbal Fresno.

12:00-12:30        Intervalo

12:30- 13:30         Introducción al análisis de datos de secuenciación masiva de ARN (RNA-Seq) ( Cristobal Fresno).

13:30-14:30        Almuerzo

14:30-16:30    Análisis in silico de datos de RNA-Seq (Cristóbal Fresno, Juan Cruz Rodríguez y Griselda Vallejo)

16:30-16:45        Intervalo

16:45- 18:00         Análisis in silico de datos de RNA-Seq ( Cristóbal Fresno, Juan Cruz Rodríguez y Griselda Vallejo).

Día 3 (Lunes 14):

10:00-11:15    Conferencia de Perspectivas Generales: El rol de la cromatina en la regulación génica hormono-dependiente en células de cáncer de mama  (Guillermo Vicent)   

11:15-11:30        Intervalo

11:30-13:00        Práctica ChIP Introducción teórica de la técnica de Inmunoprecipitación de la Cromatina (ChIP) y presentación del protocolo (Alejandro La Greca).

13:00-14:00        Almuerzo

14:00-19:00     Clase práctica (I): dilución de la cromatina e inmunoprecipitación overnight

Expresión de RNA: Purificación del RNA y preparación del ADNc (Kit Qanta)(Guillermo Vicent y Alejandro La Greca).

Día 4 (Martes 15):       

9:00-10:00    Clase práctica de ChIP (II): preparación de las beads e incubación (3 hs aprox)

10:00-12:00        Práctico RNAseq (continuación). (Cristobal Fresno y Juan Cruz Rodriguez)

12:00-14:00    Clase práctica de Chip (III): Lavado de las beads, elución del ADN y decrosslinking overnight

14:00-15:00        Almuerzo

15:00-17:00        Seminario 1 (Guillermo Vicent, Patricia Saragüeta)

Día 5 (Miércoles 16):

10:00-13:00        Clase práctica de ChIP (IV): Digestión con Proteinasa K, extracción con fenol y precipitación del ADN.

13:00-14:00    Almuerzo

14:00-15:00        Seminario 2  (Patricia Saragüeta, Guillermo Vicent)

15:00-17:00        PCR (QRT-PCR y PCR). ChIP y RNA.

17:00-19:00        Electroforesis en gel de agarosa y recolección de los datos.

Día 6 (Jueves 17):

09:00-11:30    Introducción al análisis de datos de ChIP-Seq (Nicolas Bellora)

11:30-12:00    Intervalo

12:00-13:00    Ejercicio in silico de análisis de datos de ChIP-Seq (Nicolás Bellora & Alejandro La Greca).

13:00-14:00        Almuerzo

14:00-16:00        Ejercicio in silico de análisis de datos de ChIP-Seq (Nicolás Bellora & Alejandro La Greca).

18:00-18:30        Reccolección de datos qRT-PCR y gel de agarosa.

Día 7 (Viernes 18):

09:00-13:00        Conferencia sobre correlación funcional del posicionamiento de los TF y la expresión génica a cargo de Nicolás Bellora. Ejercicio in silico de correlación de datos CHIPseq y RNAseq (Nicolás Bellora).

13:00-14:00        Almuerzo

14:00-18:00        Análisis de los datos y discusión de los resultados

Sesión en el Genome Browser y comparación de los resultados

Los estudiantes presentan sus resultados (15 min cada grupo).

Integración de los resultados. Discusión funcionalidad del ChIP-seq (Guillermo Vicent, Alejandro La Greca, Nicolás Bellora, Patricia Saragüeta, Cristobal Fresno, Juan Cruz Rodriguez, Griselda Vallejo).

Día 8 (Lunes 21):

10:00-12:00        Examen

 

Bibliografía:

1) An oestrogen-receptor-alpha-bound human chromatin interactome.Fullwood MJ, Liu MH, Pan YF, Liu J, Xu H, Mohamed YB, Orlov YL, Velkov S, Ho A, Mei PH, Chew EG, Huang PY, Welboren WJ, Han Y, Ooi HS, Ariyaratne PN, Vega VB, Luo Y, Tan PY, Choy PY, Wansa KD, Zhao B, Lim KS, Leow SC, Yow JS, Joseph R, Li H, Desai KV, Thomsen JS, Lee YK, Karuturi RK, Herve T, Bourque G, Stunnenberg HG, Ruan X, Cacheux-Rataboul V, Sung WK, Liu ET, Wei CL, Cheung E, Ruan Y.Nature. 2009 Nov 5;462(7269):58-64. doi: 10.1038/nature08497.(Seminario 1)

2) Progesterone receptor modulates ERα action in breast cáncer.Mohammed H, Russell IA, Stark R, Rueda OM, Hickey TE, Tarulli GA, Serandour AA, Birrell SN, Bruna A, Saadi A, Menon S, Hadfield J, Pugh M, Raj GV, Brown GD, D’Santos C, Robinson JL, Silva G, Launchbury R, Perou CM, Stingl J, Caldas C, Tilley WD, Carroll JS. Nature. 2015 Jul 16;523(7560):313-7. doi: 10.1038/nature14583. Epub 2015 Jul 8.(Seminario 2)

3) Differential oestrogen receptor binding is associated with clinical outcome in breast cáncer.Ross-Innes CS, Stark R, Teschendorff AE, Holmes KA, Ali HR, Dunning MJ, Brown GD, Gojis O, Ellis IO, Green AR, Ali S, Chin SF, Palmieri C, Caldas C, Carroll JS.Nature. 2012 Jan 4;481(7381):389-93. doi: 10.1038/nature10730.

4) Progesterone receptor interaction with chromatin. Vicent GP, Nacht AS, Ballaré C, Zaurin R, Soronellas D, Beato M. Methods Mol Biol.  2014;1204:1-14. doi: 10.1007/978-1-4939-1346-6_1.

5) Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks. Trapnell C, Roberts A, Goff L, Pertea G, Kim D, Kelley DR, Pimentel H, Salzberg SL, Rinn JL, Pachter L.Nat Protoc. 2012 Mar 1;7(3):562-78. doi: 10.1038/nprot.2012.016. Erratum in: Nat Protoc. 2014 Oct;9(10):2513.

6) Mapping Polycomb-repressed domains in the bithorax complex using in vivo formaldehyde cross-linked chromatin.Orlando V, Paro R.Cell. 1993 Dec 17;75(6):1187-98.

7) Argonaute-1 binds transcriptional enhancers and controls constitutive and alternative splicing in human cells. Alló M, Agirre E, Bessonov S, Bertucci P, Gómez Acuña L, Buggiano V, Bellora N, Singh B, Petrillo E, Blaustein M, Miñana B, Dujardin G, Pozzi B, Pelisch F, Bechara E, Agafonov DE, Srebrow A, Lührmann R, Valcárcel J, Eyras E, Kornblihtt AR. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014 Nov 4;111(44):15622-9. doi: 10.1073/pnas.1416858111. Epub 2014 Oct 13.

 

Organizadores

Guillermo Vicent

Patricia Saragüeta

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Te: +54 11 4783-2869

Correo electrónico: cromatinayexpresiongenica@gmail.com

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